开云集团「中国」Kaiyun·官方网站长读长技艺在动植物基因组规模的爆发式应用-开云集团「中国」Kaiyun·官方网站
发布日期:2025-02-16 05:56    点击次数:177

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动植物基因组学大会(Plant and Animal Genome Conference,PAG)是宇宙上最大的农业基因组会议,同期亦然外洋动植物基因组学规模的困难嘉会。PAG始于1994年,亦然东谈主类基因组推测打算运转的第四年,每年一月都在好意思国圣地亚哥的“城乡度假会议中心”(Town & Country Resort and Convention Center)举办。

除疫情时间2022年停办一年,PAG已走过了32个年初,算作全球动植物基因组学规模规格最高、范畴最大的年度会议,果决成为全球动植物基因组学研究者调换和展示最新科研后果的困难平台。连年来,PAG会议进一步加强了外西化和多元化的发展,除主会议在好意思国脉土举办,还在亚洲等地区开荒分会,如PAG Asia会议,以更好地知足不同地区研究东谈主员的需求。

本次大会为期6天,共有超100家展商,220个学术论坛,1200张海报选录,超3200学者和从业东谈主员进入。单从援手商来看,超大型外洋种业集团GDM、Bayer、Corteva和Limagrain领衔援手,测序厂商和行状商紧随后来。

PAG为全球动植物基因组学研究者提供了一个展示和调换最新研究后果的平台,为不同国度和地区的研究东谈主员建树了鄙俚的配合接洽,促进了资源和数据的分享,加快了科研后果的产出和应用。PAG会议展示了基因组学在农业、畜牧业、生物技艺等规模的应用研究后果,真确作念到了产学研和科研滚动的良性轮回。

算作一个“巨无霸”会议,PAG涵盖的施行非常全面且多元,涵盖了阵势生物、畜禽、水生生物、作物、微生物等基因组的最新研究线路,同期也展示了最新的基因组测序技艺、基因剪辑技艺、基因组学大数据分析器具等。

以下转头了这次会议的一些眷注焦点:

01

“泛基因组”和“T2T”

△ 部分泛基因组呈报

△ 部分T2T呈报

本次大会,泛基因组(Pan-genome)研究实足是曲常活跃的商量规模,34个主题呈报,46个poster abstract高居榜首。T2T基因组(Telomere-to-Telomere Genome)遍布了猪、牛、羊、马、骡子等常见经济动物和秋葵、西瓜等经济作物。长读长技艺在动植物基因组规模的爆发式应用,让泛基因组的研究成为当下最热点的话题。

测序技艺的高速发展,让动植物科研责任者约略更全面地分析物种内的遗传千般性,揭示基因组中的复杂肖似序列和结构变异,从而一语气复杂性状的遗传基础,维持精确的基因剪辑和育种推测打算,加快新品种的开荒。

02

“分享”和“定约”

相较于东谈主类基因组研究的富有经费,动植物基因组研究频频纳履踵决,数据分享和结合研究的困难性不言而谕。通过数据分享,科研东谈主员约略侦查和阁下全球范围内的基因组、转录组、甲基化组等多种组学数据,从而更全面地一语气动植物的遗传千般性和生态符合性。此外,结合研究促进了不同学科和地区的科学家之间的配合,使得研究约略冲破单一实验室的轨则,汇注更多的资源和机灵,加快科学发现和翻新。

本次大会有两个相比有酷好酷好的定约与环球分享一下:

Animal Breeding-RCN

Animal Breeding RCN(Research Collaboration Network)是一个专注于六畜、家禽和水产动物基因组研究的科研配合网罗。该形势旨在通过频频的会议和调换,协长入优先筹商动物基因组研究,识别轨则困难性状的基因区域和基因,并将研究后果与全球科学家分享。其主义是升迁农场动物坐蓐的效用和效果,为全球食粮可捏续性作念出孝顺。RCN主要眷注四个研究规模:基因组测序、功能宝贵、基因组示意和精确表型组学与育种。

FarmGTEx

FarmGTEx(Farm Animal Genotype-Tissue Expression)形势是一个外洋性的科研配合形势,旨在为家养动物构建一个全面的分子表型QTL数据库。该形势通过全球科学家的配合,悉力于发现轨则农场动物困难性状的基因区域和基因,从而匡助咱们更好地领路困难经济性状以及环境符合性的分子遗传机制。形势分为试点阶段(2018-2023年)、主要阶段(2022-2033年)和增强阶段(2022年于今),推测打算侦查每个六畜物种跳动50种组织/细胞类型中的跳动1000个个体,以完了对调控景不雅过头对经济价值复杂性状影响的全面视图。

△ 部分PigGTEx后果

03

低廉、低廉、更低廉

算作全球最大的农业基因组大会,广宽种业企业都聚一堂,眷注着基因组学在经济物种上的滚动应用。关于价钱顶点敏锐的农业规模,老本轨则是亘古不变的主题。自2001年Meuwissen初次将全基因组采用(Genome Selection)应用于分子育种规模,提供“最全、最准确、最低廉”的基因分型技艺成为一众从业东谈主员的追求。

△ 部分低深度全基因组测序的呈报

低深度全基因组测序(Low-pass WGS)正成为一种困难的基因分型才气,它通过低老本的测序战术,对群体中通盘个体进行全基因组低深度重测序和变异查找,再阁下连锁不服衡(Linkage Disequilibrium,LD)对缺失的序列进行推断和基因型填充,最终获取大范畴样本全基因组水平的高密度基因符号。这种才气不仅减少了测序数据量和老本,还能通过基因型填补得到全基因组范围内的高密度SNP,知足高SNP密度和大样本量的需求,性价比更高。

本次会议上,华大智造子公司Complete Genomics在分论坛上分享了AgriHigh低深度全基因组测序组合家具在猪、牛、水稻上的应用数据,获取了鄙俚眷注。抛弃2024年12月,华大已破译动植物基因组超5100种,约占到全球总孝顺值的41%。

该组合家具是一套专为农业科研和育种应用而开荒的全历程组合家具,包括硬件、软件和试剂,涵盖“核酸索求-建库-测序-生信分析”历程,配备天真组合的自动化决策,可知足不同的通量需求。与传统建库才气不同,AgriHigh继承全新的板式建库试剂盒,仅需三步(打断、结合响应、等体积夹杂)即可完了大范畴建库,极地面裁汰建库时候。

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参考府上:

[1] https://www.animalgenome.org/RCN/?tab=obj

[2] https://www.farmgtex.org/

[3] https://intlpag.org/PAG32/



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